La pregunta para qué sirve el CISEN puede ser sujeta de discusión pública y motivo de polarización. Hay quien piensa que lo único que hace es espionaje político, porque lo creía Vicente Fox, quien cuando llegó a la Presidencia le recortó fondos, lo achicó y provocó su primer gran desmantelamiento. Cuando lo sucedió Felipe Calderón, colocó al frente a un amigo, politólogo y lector de encuestas que no sabía de inteligencia, que le dio tranquilidad a él, pero incertidumbre a la nación. Con la llegada de Enrique Peña Nieto a Los Pinos, el nuevo equipo encontró su Dorado. La inteligencia criminal construida por casi una década, con tecnología de punta, regresó a lo que fue durante los años más sórdidos de la guerra sucia, inteligencia política. El resultado de ello, lo vemos con el colapso del CISEN, al perder al prisionero bajo su cargo, Joaquín El Chapo Guzmán.
Pese a ello, sería un error que el CISEN, debería desaparecer. Una nación necesita de un órgano de inteligencia civil que atienda la seguridad nacional. Alerta sobre los riesgos y provee los insumos para la toma de las decisiones. Cualquier alegato político que pide su cierre es reduccionista. Las personas no hacen a las personas, pero sí contribuyen a su engrandecimiento o a su declive. En el caso del presidente Peña Nieto, la total decisión en materia de seguridad se la entregó al secretario de Gobernación, Miguel Ángel Osorio Chong, que designó a su amigo Eugenio Imaz en el CISEN.
